Billedkunstskolerne og Kunsthal Chalottenborg fokuserer på henholdsvis kunstnerisk uddannelse og udstilling. Ledelsen består af rektor, prorektor, kunsthalsdirektør og administrationschef. Kunsthallen og Billedkunstskolerne har fælles administration.
Siden 2023 har Kunstakademiet en bestyrelse, som varetager den strategiske ledelse og har det overordnede ansvar for Kunstakademiets drift, økonomi og udvikling.
Kunstakademiet har desuden et studenterråd (De Studerendes Råd (DSR)) samt et Studienævn, med medarbejder- og studenterrepræsentanter og et Samarbejdsudvalg med repræsentanter for medarbejdergrupper og ledelse.